در دهه 1990 میلادی روش میکروگرافت به طرف فولیکولاریونیت میگروگرافت متحول شد که تا کنون بهترین روش پیوند مو اصفهان محسوب می شود.تاکید این روش بر دو جنبه می باشد:

اولین تاکید بر افزایش نگهداری فولیکولهای پشت سر هم می باشد چون این منبع محدود می باشد و باید به بهترین نحو حفظ شود و تاکید دوم بر ایجاد طبیعی ترین نتایج می باشد.

اولین نکته ای که روش فولیکولارینت میکروگرافت با سایر روش های میکروگرافت قبلی فرق دارد طراحی دقیق برای پیشگیری از برداشت گرافت های زیاد در یک جلسه می باشد.گرچه هر فرد کاندید پیوند مو تمایل دارد که در طی یک جلسه تراکم بیشتری برای وی ایجاد شود ولی قرار دادن تعداد زیادی میکروگرافت بسیار نزدیک به هم ریسک نگرفتن گرافت ها را زیاد می کند.گرچه اکثر جراحان توانا، قابلیت انجام تعداد بیشتری گرافت را دارند، یک جراح با تجربه در هر جلسه فقط 1000 تا 2000 گرافت برای پیوند تخصصی مو در اصفهان در نظر می گیرد.

روش برداشتن بافت دهنده نیز تغییر دیگری است که در طی روش میکروگرافت با روش فولیکولاریونیت به وجود آمده است. در گذشته بسیاری از جراحان از تیغ های جراحی دارای چندین لبه برای برداشتن گرافتها استفاده می کردند که تمام این تیغه ها حالت موازی با هم داشته و فاصله هر کدام تا بعدی 3 میلی متر بود. با استفاده از از این روش باعث می شد که بسیاری از فولیکولهای مو توسط تیغ جراحی بریده شود و درصد بسیاری از این فولیکول های قطع شده ادامه حیات ندهد اما اکنون بیشتر جراحان پیوند مو از روش یک تیغه ای برای برداشت ناحیه اهدا کننده استفاده می کنند و سپس این بافت اهدا کننده تحت بزرگ نمایی تبدیل به گرافت های کوچک شده و در طی این عمل سعی می گردد که از آسیب ریشه های مو پیشگیری گردد.

بلافاصله پس از برداشتن قسمت اهدا کننده،بافت آن در سرم نمکی سرد قرار داده می شود تا حرارت آن پایین بیاید و بقا سلول ها افزایش پیدا کند.فقط چند ساعت از زمان برداشتن تا کاشت گرافت ها فرصت هست تا به حیات خود بهتر ادامه دهند.پس از آنکه گرافت ها جدا شدند روی صفحات مخصوص چیده می شوند تا کاشته گردد.یکی از استانداردهای لازم برای جداسازی گرافت ها استفاده از میکروسکوپ می باشد.استفاده از میکروسکوپ باعث می شود که ریشه موها در حین جداسازی گرافت ها آسیب کمتری ببیند و این مسئله باعث می شود که گاها تا 30% افزایش رشد داشته باشیم.استفاده از میکروسکوپ برای اولین بار توسط دکتر Bob Limmer در آمریکا رایج شد که وی فردی است که برای اولین بار جداسازی زیر میکروسکوپ و روش فولیکولاریونیت را ارائه کرد و بعدا از طرف اکثر پزشکان به عنوان بهترین روش پیوند مو پذیرفته شد.

پس از جداسازی گرافتها توسط تیغ های بسیار ظریف جراحی جای گرافت ها روی سر مشخص می شود که این مرحله بسیار دقیق است و تراکم موها، و زاویه موها در این مرحله است که مشخص می شود و سپس مرحله کاشت آغاز می گردد که وقت گیرترین قسمت عمل مرکز تخصصی پیوند مو بوده و در طی آن با وسایل مخصوص و تحت بزرگ نمایی، گرافت های جدا شده در داخل شکاف های بسیار ریز که توسط پزشک جهت گرافت ها ایجاد می شود کاشته می شود.

در کاشت مو با روش غیر جراحی، واحدهای فولیکولی (حاوی 1-4 تار مو) توسط وسیله ظریفی بنام پانچ یک به یک از پشت سر خارج می شود و در ناحیه طاسی کاشته می شود، درنتیجه نیازی به جراحی پشت سر نیست. در این روش خط بخیه در پشت سر وجود ندارد بلکه در محل برداشت هریک از فولیکول ها نقطه سفید کوچکی در پوست باقی می ماند که قابل دید نیست. به همین جهت افرادی که موهای خود را خیلی کوتاه نگه می دارند بسیار مناسب خانه کاشت مو اصفهان با این روش هستند. این روش در سال 2002 در کشور آمریکا رایج شد.